# 「2019-nCoV-新型冠状病毒全球简报」- 2020.02.04

2020.02.04 Gang 编辑

# 导读

「2019-nCoV-新型冠状病毒全球简报」是新型冠状病毒疫情期间,国内众多线上志愿者整理出的一份简报,志在帮助大家了解疫情最新信息。文中内容皆可溯源,包括国外各大医疗杂志和媒体的一手信息(含学术论文)。希望大家在疫情期间保护好自己,顺利渡过难关。

# 本期目录

  • 全球非学术信息

    • WHO:2019-nCoV情况报告
    • 中华人民共和国出入境管理局关于暂停部分内地往来香港口岸人员通行的公告
    • 近期有关国家就防控疫情采取入境管制措施列表
    • CDC电讯:2019-nCOV在美病例最新情况及记者问答
    • CDC电讯:2019-nCOV在美病例最新情况及就入境隔离记者问答
    • 纽约时报:专家说,新型冠状病毒越来越像流行病
  • 全球学术信息

    • Nature:冠状病毒爆发:下一步是什么
    • medRxiv-新型冠状病毒感染死亡风险的实时估计: 根据输出病例的推断
    • medRxiv-进行旅行者筛查对预防2019年新型冠状病毒在国际范围内传播产生效果
    • Nature-肺炎爆发可能与源于蝙蝠的新冠状病毒有关 (石正丽团队)
    • Nature-新型冠状病毒的基因组序列(张永振团队)

# 全球非学术信息

# WHO关于2019-nCoV的最新情况报告

数据时间 2020.02.03

1.数据概览:

  • 全球:17391 确诊病例
  • 中国:17238确诊病例,2296严重病例,361 死亡病例
  • 其他地方:153 确诊病例,遍布 23个国家
  • 世卫组织 WHO 的风险评估:
    • 中国:非常高
    • 区域性风险:高
    • 全球性风险:高

2.重要情况 HIGHLIGHTS:

  1. 在过去的24小时内,没有新国家报告2019-nCoV病例。
  2. 世卫组织开发了新型冠状病毒(2019-nCoV)的仪表板,全球确诊病例数,其中包括中国各省的病例,地区和城市,以及按国家/地区在中国境外确诊的病例。
  3. 世卫组织准备了一份问答列表,以答复世卫组织收到的询问各种组织和个人。
  4. 与卫生行动技术专家合作,世卫组织行动支持物流开发了“2019-nCoV套件”,类似于准备好的治疗套件用于爆发其他高威胁病原体。在未来的日子里,这些套件的成本,采购和组装将是首要任务。

图1: 2019-nCoV确诊病例的国家和地区,2020年2月3日

1DZFHg.png

技术重点:运营支持和后勤

世卫组织业务支持和后勤部门(OSL)致力于在全球范围内支持2019-nCoV应对并直接与会员国联系。在这些活动中,WHO OSL更新了疾病商品包(DCP),已在此处发布。本文件提供了商品所有方面所需的指导响应。世卫组织OSL还一直在努力为2019-nCoV响应制定全球商品成本估算,这将有助于全球战略响应计划和融资。

世卫组织OSL与卫生行动技术专家合作,开发了“2019-nCoV试剂盒”,类似于紧急情况下用于霍乱,埃博拉和其他高危病原体的治疗套件。

目前正在开发与案例管理相关的后勤管理指南,重点是隔离,分类和标准治疗中心配置。

表1: 2019-nCoV确诊病例的国家和地区,2020年2月3日 1DZAEQ.png

图2: 2019年- 2020年2月3日中国境外确诊的新型冠状病例的流行曲线

1DZ9jf.png

图2注:在中国以外报道的153例病例中,有12例无症状。对于其余141例病例的发病日期信息仅适用于流行病学曲线中显示的88例病例。

战略目标

世卫组织在这方面的战略目标是:

  1. 限制人与人之间的传播,包括减少密切接触者和卫生保健工作者之间的二次感染,防止传播扩大事件,以及防止来自中国的进一步国际传播;
  2. 及早发现、隔离和护理病人,包括为受感染病人提供最佳护理;
  3. 识别并减少来自动物源的传播;
  4. 处理关于临床严重程度、传播和感染程度、治疗的关键未知因素,促进诊断、治疗和疫苗的发展;
  5. 向所有社区传达关键风险和事件信息,并打击错误信息;
  6. 通过多部门合作,最大限度地减少社会和经济影响

*这可以通过公共卫生措施的组合来实现,如快速识别、诊断和管理的情况下,识别和跟踪的联系人、医院感染预防和控制,实现卫生措施的旅行者,意识,提高人口和风险沟通。

防范和应对:

  1. 世卫组织一直与报告病例的会员国保持定期和直接接触。世卫组织还向其他国家通报情况,并应要求提供支持。
  2. 世卫组织制定了临时指导实验室诊断、建议使用的面具在家庭护理和卫生保健机构的新型冠状病毒(2019 - ncov)爆发,临床管理、感染预防和控制在卫生保健机构中,疑似新型冠状病毒,患者的家庭护理风险沟通和社区参与。
  3. 已准备好的疾病商品包,包括用于护理2019-nCoV患者的生物医学设备、药品和用品的基本清单。
  4. 世卫组织提出了减少动物向人类传播的风险的建议。
  5. 世卫组织正在与全球专家网络和伙伴合作,开展实验室、感染预防和控制、临床管理和数学建模等方面的工作。

建议和意见:

在以往其他冠状病毒(中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS))暴发期间,通过飞沫、接触和污染物发生人际传播,这表明2019-nCoV的传播模式可能类似。降低急性呼吸道感染总体传播风险的基本原则包括:

  1. 避免与患有急性呼吸道感染的人密切接触。
  2. 经常洗手,特别是在与病人或他们的环境直接接触后。
  3. 避免与农场或野生动物进行无保护的接触。
  4. 有急性呼吸道感染症状的人应遵守咳嗽礼仪(保持距离,用一次性纸巾或衣物覆盖咳嗽和打喷嚏,并洗手)。
  5. 在医疗机构内,加强医院特别是急诊科的感染预防和控制标准。

世卫组织不建议对旅行者采取任何具体的卫生措施。如果在旅途中或旅途后出现疑似呼吸道疾病的症状,旅客应寻求医疗服务,并与医疗服务提供者分享他们的旅行经历。

# 中华人民共和国出入境管理局关于暂停部分内地往来香港口岸人员通行的公告

中华人民共和国出入境管理局 | 2020.02.04

香港特别行政区政府2月3日宣布,自2020年2月4日零时起,除深圳湾、港珠澳大桥口岸正常通关外,其他毗邻内地的陆路、铁路口岸暂停人员通行

为因应上述限制措施,依法保障中外人员合法权益,继续提供必要的出入境便利,中华人民共和国出入境管理局对内地和香港往来人员出入境口岸做出部分调整,现公告如下:

  1. 从2020年2月3日24时起,暂停罗湖、皇岗、福田、西九龙、沙头角、文锦渡,以及高明、顺德、江门、斗门、鹤山港客运码头口岸人员通行,恢复时间另行通告。
  2. 深圳湾、港珠澳大桥口岸继续开放人员通行,深圳湾口岸开放时间为每日6时30分至24时,港珠澳大桥口岸24小时开放。原通行沙头角、文锦渡口岸的粤港跨境小汽车转由深圳湾口岸通行。
  3. 内地各机场口岸与香港国际机场继续通航通关。南沙、番禺、虎门、蛇口、福永、中山、九洲客运港至香港机场海天码头的过境航班继续正常通航,内地旅客不进入香港市区,仍可搭乘香港机场的国际航班离港。

# 近期有关国家就防控疫情采取入境管制措施列表

数据时间 2020.02.03

1BITyD.png

1BIbeH.png

1BIqwd.png

# CDC:2019-nCOV在美病例最新情况及记者问答

CDC|2020.01.30

CDC连线专家和记者,介绍了新冠病毒在美国首例人与人传播感染病例的最新情况,以及有关2019新型冠状病毒的记者问答。

参与连线的专家:CDC主任Robert Redfield博士,伊利诺斯州公共卫生部主任Ngozi O. Ezike主任,国家流行病学家Jennifer Layden博士,国家免疫和呼吸疾病中心(NCIRD)主任Nancy Messonnier博士。

介绍美国感染病例情况

Robert Redfield:今天,CDC与伊利诺斯州公共卫生部联合宣布,美国出现首例人与人传播新型冠状病毒的病例。目前,这种病毒传播的容易程度和可持续性还不清楚。美国已有6例确诊病例,我们建议采取严格的感染控制程序。

Ngozi O. Ezike:这种人对人的传播发生在两个非常密切的接触者之间,这种病毒没有在社区内广泛传播。目前,我们并不建议公众采取额外的预防措施,如取消活动或避免外出。 请放心,我们正在积极监测所有密切接触者、正在接受症状调查的患者。

Jennifer Layden: 第一例伊利诺伊州病例是一名60多岁妇女,1月13日从中国武汉返回,她目前在医院病情稳定,并继续好转。她的丈夫也已被收治住院,目前病情稳定。IDPH正在与我们当地的卫生部门、卫生保健合作伙伴和疾病预防控制中心密切合作开展这项调查和应对工作。

Nancy Messonnier: 我想给大家简要介绍一下疾控中心应对措施的几个关键方面。首先是昨天来自加利福尼亚最新消息:195名乘客继续接受医学评估,风险评估正在进行中。其次,在筛选方面存在一些混乱。CDC在美国所有20个检疫站都进行了疾病应对。我们正在向这些地区增派工作人员,以提高生病旅客的应对能力。其中18个是机场,两个是相关的陆路边境入境口岸。**此外,**从中国进入美国的每个人都将获得一张信息卡,上面有关于监测自己症状的说明,以及如果出现症状该怎么做。再次强调,这是我们在美国针对每个病例的早期发现和反应的分层方法的一部分

最后,我想强调一下Redfield博士所说的话。目前在美国只有6例新型冠状病毒病例,我们正在与州和地方展开密切合作,以确定每个病例的接触者及是否有其他人可能受到感染。我们希望我们的行动是基于证据的,并适合当前的情况。例如,疾控中心目前不建议公众使用口罩。我们的网站https://www.cdc.gov/ncov 上有详细的指导和信息。

问答环节摘选

  1. 《时代》记者Jamie Ducharme :我希望你能澄清一下美国公众要怎么做?你不建议戴口罩,人们应该怎么想呢?

Nancy Messonnier:我们要求公众帮助我们做两件事。

  • 如果你是一个刚从受感染地区回来的旅行者,有发烧、咳嗽等症状,请打电话给你的医疗服务人员。同样,如果你被卫生部门确认为确诊病例的密切接触者,我们希望你遵循卫生部门的指导,该指导旨在保护你的安全并防止病毒进一步传播。
  • 对于其他公民,你能做的最好事情就是勤洗手,掩住咳嗽,照顾好自己,并持续关注我们提供的新信息
  1. 《华盛顿日报》记者Leonard Bernstein:这对确诊感染的夫妻现在有多少密切接触者?能否描述他们的病情及严重程度。如果普通人看到他们,那是一个看起来像得了流感的人,一个看起来流鼻涕的人,公众怎样才能了解他们的病情呢?

Jennifer Layden:第一个病人情况很好,仍然在住院,仍然住院主要是隔离。第二个病人是最近才住院的,病情稳定。我们不想谈论病人的个人信息。我认为最好使用来自其他地方的数据。

Nancy Messonnier:大多数病人开始发烧,呼吸系统疾病,咳嗽、气短,老年人和有基础疾病的人最严重。

# CDC电讯:2019-nCoV 在美病例最新情况及就入境隔离记者问答

CDC|2020.02.03

  • 内容来源:https://www.cdc.gov/media/releases/2020/t0203-coronavirus-update.html

CDC连线专家和记者,解答2019-nCov在美传播最新情况,并就入境管制与疫情隔离问题答记者问。参与连线的专家:国家免疫和呼吸疾病中心(NCIRD)主任Nancy Messonnier博士。

介绍美国2019-nCov最新情况

Dr. Nancy Messonnier: 感谢大家参加今天的会议。从上次会议以来,CDC又确诊了五例美国境内新冠状病毒感染者,使美国确诊的阳性患者达到11位。新发现的五例患者中,有四位去过武汉。在美国境内,我们估计会确诊更多的新冠状病毒感染者。也可能会看到更多的亲密接触者之间人传人的病例。截至今早,接受调查的167人(就是我们说的PUI),检测结果为阴性。还有82位疑似患者在等待结果。

正如我们之前报道的,CDC已经开发了实时逆转录聚合酶链反应测试(RRT-PCR)。1月24号,CDC公开发布了该测试的检测方案。CDC已分离出该病毒,本周将其送往NIH资源库,以供广大科学界使用。

最佳检测方法尚未确定

我们的诊断方法很准确。测试结果为阴性意味着,这个人极有可能没被感染。但同时,也可能是因为感染还没发展到能被诊断出来的程度。这是个新的病毒。能确定一个人到底有没有被感染的最好的诊断时机以及正确样本类型还没有定论

上周五,美国政府还在入境方面采取了前所未有的行动,以应对新冠状病毒对公共卫生逐步上升的威胁。

美国入境机场筛查制度

上周五下午颁布的旅行政策。已颁布的总统令暂停了在过去14天内去过中国的外国人入境许可,不包括美国公民的直系亲属和永久定居者的直系亲属——这些人可以入境。值得注意的是,该政策只包含中国大陆,从香港和澳门来的人不包括在内。我们还将采取措施,在14天内去过湖北省或中国其他地区的入境人员中检测这种病毒。所有这些乘客都会到美国的11个机场。在这些机场中:

  • 如果在过去14天内去过湖北省我们会对他们进行额外的健康评估,包括发烧,咳嗽和呼吸困难的筛查。
    • 如果有症状,转移到指定地点、进行进一步的医疗评估中。这些人不会继续他们的旅程,会被隔离14天。
    • 如果没有症状,在制定地点或其附近进行14天的强制隔离。

请记住,这个筛查只适用于去过湖北的人。这些人将无法继续他们的行程。CDC正在与各州政府商量决定把这些人放哪隔离

  • 如果在14天内去过中国大陆其他地区也将进行健康评估,筛查是否有发烧,咳嗽或呼吸困难的现象。

    • 如果有症状,转移到指定地点进行医疗评估,在评估结束前不能继续行程。
    • 如果没有症状,他们可以到其最终目的地、然后尽可能在家隔离14天。

我再跟你们汇报另外一件事情:国务院正从武汉接更多人回来。新回来的人也将隔离14天(从飞机离开武汉那天算)

# 纽约时报:专家说,新型冠状病毒越来越像流行病

记者Donald G. McNeil Jr.| 2020.02.02

  • 内容来源:[Wuhan Coronavirus Looks Increasingly Like a Pandemic, Experts Say](https://www.nytimes.com/2020/02/02/health/coronavirus-pandemic-china.html?action=click&module=Top Stories&pgtype=Homepage)

迅速上升的病例数量给研究人员敲响了警钟,他们担心这种病毒可能会蔓延到全球。但是科学家还不能预测会导致多少人死亡。新型冠状病毒的传播方式可能更像传染性很强的流感,而不像SARS和MERS。科学家们还不知道这种新型冠状病毒有多致命,因此大流行可能造成多大的损害还不确定。科学家发现,新型冠状病毒的传播方式更像传染性很强的流感,而不像传播缓慢的SARS和MERS。

过去三周,中国实验室确诊病例数量已从约50例飙升逾1.7万例,蔓延到23个国家;已有360多人死亡。各种流行病学模型估计,实际病例数为10万或更多。虽然这种扩张速度不如流感或麻疹那么快,但这是一个巨大的飞跃,超出了非典和中东呼吸综合征出现时病毒学家的预期。专家表示,目前最大的不确定性是全球将有多少人死亡。SARS夺去了10%的感染者的生命,而MERS现在夺去了三分之一的人的生命。新型冠状病毒已知病例的死亡率一直在2%左右,不过随着更多的检测和发现更温和的病例,死亡率可能会下降

大流行的影响在一些国家可能比其他国家更严重。虽然美国和其他富裕国家可能能够发现并隔离第一批病毒携带者,但卫生保健系统脆弱的国家却无法做到这一点。该病毒已经蔓延到柬埔寨、印度、马来西亚、尼泊尔、菲律宾和俄罗斯农村地区。伦敦卫生与热带医学院院长Peter Piot博士说:“即使是1%的死亡率,也意味着每100万人中有1万人死亡。”

随着天气变暖,新型冠状病毒有可能逐渐消失。但即使疫情在6月消退,秋季也可能出现第二波。就像所有主要流感大流行一样,包括1918年和2009年开始的大流行。到那时,一些补救措施可能就在手边了,尽管它们将需要严格的测试,或许还需要政治压力,才能让它们变得可用并负担得起。

在中国,医生开出了好几种抗病毒药物

  • 一种常见的组合是含有洛吡那韦和利托那韦的药丸,并注射干扰素,干扰素是一种能唤醒免疫系统的信号蛋白。在美国,AbbVie 以 Kaletra 的名义出售这种组合,用于 H.I.V. 治疗,价格相对昂贵。在印度,十几家仿制药生产商以极低的价格生产用于治疗非洲艾滋病的药物,它们的产品得到了世界卫生组织的批准。
  • 另一种选择可能是实验药物 remdesivir,吉利德持有该专利。这种药还没有被批准用于治疗任何疾病。尽管如此,还是有一些证据表明它对冠状病毒有效,吉利德公司已经向中国捐赠了疫苗

# 全球学术信息

# Nature:冠状病毒爆发:下一步是什么?

Dyani Lewis | 2020.01.31

一句话总结: 世界卫生组织宣布全球卫生紧急情况时,专家们权衡了最佳和最坏的情况。

世界各地的科学家和卫生当局都在争相尝试遏制12月在中国武汉市出现的致命病毒的传播。这种冠状病毒会引起呼吸系统疾病,严重可导致死亡。目前,死亡人数每天都在增加。

关于该病毒及其传播方式的关键细节仍然未知,但是专家们正在根据先前的流行病以及科学家已经知道的情况来考虑最佳和最坏情况。

该病毒将感染多少人?

案件数量一直在上升,在过去一天中激增至9,000例以上,其中大部分在中国。

香港大学的流行病学家本·考林(Ben Cowling)说,现在断言隔离措施以及口罩使用宣传是否奏效还为时过早。

病毒会存在很久吗?

当病毒在社区中不断传播时,该病毒可被称为“地方病” 。一个大问题是,新型冠状病毒是否将保留下来。如果遏制它的努力失败了,它很有可能会成为“地方病”。与流感一样,这可能意味着每年随着病毒的传播而死亡,直到开发出疫苗为止。如果该病毒可以被感染但没有症状的人传播,则控制它的传播将更加困难,从而使该病毒更可能成为“地方病”。

无症状病例使新病毒与引起严重急性呼吸综合征(SARS)的相关冠状病毒区分开。

Cowling说,如果控制措施有效,并且传播速度减慢,从而每个感染者最多只能感染一个人,那么当前的疫情就可以逐渐消退。

病毒可能会变异吗?

一些研究人员担心,随着中国冠状病毒的传播,病原体可能会发生突变,从而使其更有效地传播,或者更有可能在年轻人中引起疾病。

迄今为止,最年轻的受害者是一名36岁的武汉男子,他没有已知的健康状况。

加利福尼亚拉霍亚斯克里普斯研究中心的传染病研究人员克里斯蒂安·安德森(Kristian Andersen) 并不担心这种病毒变得更具毒性。他说:“我想不出爆发病原体时有发生过的任何类似事例。”

澳大利亚昆士兰大学(University of Queensland)病毒学家伊恩·麦凯(Ian Mackay)说:“除非改变序列,否则病毒不会改变其行为,我们需要看到病毒不断或一致的变化。”

它会杀死多少人?

在爆发过程中,很难计算出病毒的死亡率(即死亡的感染者比例),因为有关新病例和死亡的记录正在不断更新。

迄今为止,在近10,000种感染中有213例死亡,新的冠状病毒的死亡率为2-3%

英国利兹大学的病毒学家马克·哈里斯(Mark Harris)对伦敦的科学媒体中心说,随着发现轻度和无症状的病例,新冠状病毒的已知死亡率可能会降低。

当前没有有效的抗病毒药物。目前正在测试两种被认为靶向可帮助冠状病毒复制的蛋白质的HIV药物作为一种治疗方法。

死亡人数还将取决于中国的卫生系统如何应对大量病例。

世卫组织总干事特德罗斯·阿达诺姆·格布雷耶苏斯(Tedros Adhanom Ghebreyesus)在宣布全球卫生紧急情况时说,他主要担心的是爆发可能蔓延到卫生系统脆弱的国家。

澳大利亚悉尼大学全球健康保障专家亚当•卡姆拉特-斯科特(Adam Kamradt-Scott)说,目前的2%至3%的死亡率(虽然不如SARS高),但对于传染病仍然很高。

Kamradt-Scott说,中国的冠状病毒可能不会触发这种世界末日的情况,因为它通常不会感染或杀死年轻健康的人

# medRxiv-新型冠状病毒感染死亡风险的实时估计: 根据输出病例的推断

Sung-mok Jung, Andrei R. Akhmetzhanov, Katsuma Hayashi, Natalie M. Linton, Yichi Yang, Baoyin Yuan, Tetsuro Kobayashi, Ryo Kinoshita, Hiroshi Nishiura | 2020.01.29

  • 内容来源: https://doi.org/10.1101/2020.01.29.20019547

摘要

其他国家新冠状病毒(2019- ncov)感染的输出病例为评估中国的累计发病率和确诊病死率风险(cCFR)提供了一个机会。

了解cCFR对于描述2019-nCoV在流行早期的严重性和了解其大流行潜力至关重要。

本研究利用发病率的指数增长率,统计估计了cCFR和基本繁殖数,即在一个初诊人口中,由一个初诊病例所产生的平均次发病例数。

截至2020年1月24日的23例输出病例,以从2019年12月8日估计增长率(场景1)和使用输出病例数数据估计增长率(场景2)分别计算,中国累积发病率约为分别为5433例(95%可信区间(CI): 3883,7160)和17780例(95%可信区间:9646,28724)

cCFR最新估计值分别为4.6%(95%置信区间:3.1-6.6)和7.7%(95%置信区间:4.9-11.3)

基本复制数分别为2.2 (95% CI: 2.1, 2.3)和3.7 (95% CI: 3.1, 4.3)

基于这些结果,我们注意到,目前2019-nCoV的流行有可能导致大流行。所提出的方法可以为仅使用公开数据的早期风险评估提供见解。

# medRxiv-进行旅行者筛查对预防2019年新型冠状病毒在国际范围内传播产生效果

Katelyn Gostic, Ana CR Gomez,Riley O. Mummah, Adam J. Kucharski,James O. Lloyd-Smith|2020.01.28

摘要

针对此次出现的2019-nCoV,旅行者筛查正被用于限制其进一步全球传播。

我们分析了不同的旅行筛查程序的预期影响,考虑到nCoV生命史和流行病学参数值的不确定性。即使在最佳情况假设下,我们估计筛查也会漏掉一半左右的受感染旅客。分析导致筛查成功和失败的因素,我们发现大多数筛查漏掉的病例基本上是无法检测到的,因为他们还没有出现症状,也不知道病毒暴露在外。这些研究结果强调,有必要采取措施,追踪那些在漏掉旅行筛查程序后生病的旅行者。我们的模型可供交互使用,这样涉众可以使用最新的信息探索感兴趣的场景。我们希望这些发现促进以证据为基础的政策出台,以打击nCoV的传播,并有助于未来的规划,以减轻未来出现的病原体。

研究目的

旨在评估nCoV筛查的预期效果,同时考虑到目前对病毒自然史和流行病学的知识和不确定性,我们使用目前可用的最佳估计来显示结果,以期在这种快速变化的环境中为政策决策提供参考。

内容

我们的分析强调了这样一个事实,即呼吸道病毒很难通过旅行筛查程序检测出来,特别是如果相当一部分感染者表现出轻微或不明显的症状,并且潜伏期很长。我们提出了一个强有力的定性研究结果:在任何情况下,在吸引旅行者的来源人群中存在广泛的流行病传播,旅游筛查计划可以减缓但不能阻止感染病例的输入。

我们希望,这些见解可以通过指导高资源和低资源国家的有效决策,帮助减轻非传染性疾病的全球影响,并可能有助于未来新出现感染的旅行筛查政策的预期改进。

# Nature-肺炎爆发可能与源于蝙蝠的新冠状病毒有关 (石正丽团队)

Peng Zhou, Xing-Lou Yang, Xian-Guang Wang, Ben Hu, Lei Zhang, Wei Zhang, Hao-Rui Si,Yan Zhu, Bei Li, Chao-Lin Huang, Hui-Dong Chen, Jing Chen, Yun Luo, Hua Guo, Ren-Di Jiang,Mei-Qin Liu, Ying Chen, Xu-Rui Shen, Xi Wang, Xiao-Shuang Zheng, Kai Zhao,Quan-Jiao Chen, Fei Deng, Lin-Lin Liu, Bing Yan, Fa-Xian Zhan, Yan-Yi Wang, Geng-Fu Xiao &Zheng-Li Shi |2020.02.03

摘自:Nature自然科研

该论文于1月20日提交,1月29日被接收,Nature以加快评审文章 (Accelerated Article Preview)方式,2月3日在线发表。对最近在中国引发呼吸系统疾病爆发的一种新型冠状病毒进行了鉴定和表征,揭示了其与严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒的相似性。

这篇分析文章发现了新型冠状病毒来源于蝙蝠的证据,但是此次爆发的动物来源尚待确认。

据报道截至2019年12月,呼吸道疾病疫情已爆发,起源或为中国湖北省武汉市一海鲜市场。患者症状包括发烧、气促和肺炎。此后疫情已蔓延至中国其他地区及海外,截至发稿时,已发现超过14,000例病例,死亡人数超过300。

中科院武汉病毒研究所的石正丽及其同事分析了7例重症肺炎患者的样本,其中6人为武汉海鲜市场内的工人,该海鲜市场在2019年12月已首次发现病例。

研究者发现在其中5名病人身上获取的全长度基因组序列彼此之间几乎完全一致(相似度超过99.9%),与SARS冠状病毒有79.5%的序列一致。此外,研究人员发现该病毒序列与一种蝙蝠冠状病毒在全基因组水平上相似度高达96%,表明蝙蝠可能是该冠状病毒的来源

研究人员发现七个被鉴定和测序出的非结构性蛋白也存在于SARS冠状病毒中,表明该病毒是一种与SARS相关的冠状病毒,作者暂时将其命名为新型冠状病毒2019(2019-nCoV)。他们确认了2019-nCoV进入细胞的路径与SARS冠状病毒一样,即通过ACE2细胞受体。

作者开发出了一种可以将2019-nCoV与其他所有人类冠状病毒区分开的测试,并展示在最初的口腔拭子样本中检测到了2019-nCoV,但随后(大约十天后)采集的样本没有显示阳性病毒结果。

这项发现表明,最有可能的病毒传播途径是通过个体的呼吸道,不过作者也指出其他途径亦不无可能,仍需更多患者数据来进一步研究传播途径。

支撑该研究发现的测序数据可在GISAID中找到,登记号为EPI_ISL_402124、EPI_ISL_402127-402130以及EPI_ISL_402131

# Nature-新型冠状病毒的基因组序列(张永振团队)

Fan Wu, Su Zhao, Bin Yu, Yan-Mei Chen, Wen Wang, Zhi-Gang Song, Yi Hu, Zhao-Wu Tao, Jun-Hua Tian, Yuan-Yuan Pei, Ming-Li Yuan, Yu-Ling Zhang, Fa-Hui Dai, Yi Liu, Qi-Min Wang, Jiao-Jiao Zheng, Lin Xu, Edward C. Holmes & Yong-Zhen Zhang| 2020.02.03

张永振率先于2020年1月11日公布新型冠状病毒基因组序列信息,大大加速了新冠病毒相关研究。这篇名为A new coronavirus associated with human respiratory disease in China论文,病毒样本系从一名曾在最先爆发疫情的海鲜市场工作过的患者体内分离得到。基因组分析显示,该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒密切相关。

中国上海公共卫生临床中心、复旦大学公共卫生学院的张永振及同事研究了一名41岁的男性海鲜市场工人,其于2019年12月26日在武汉一家医院住院,表现出呼吸系统疾病症状,包括发烧、胸闷和咳嗽。联合使用抗生素、抗病毒药和糖皮质激素进行治疗,但患者表现出呼吸衰竭,治疗三天后病情无改善。

作者对从患者收集的支气管肺泡灌洗液(肺分泌物)进行了基因组测序。他们鉴定出了一种新型病毒,并发现该病毒基因组与蝙蝠体内发现的SARS样冠状病毒有89.1%的核苷酸相似性。尽管从单个患者的分析中不可能得出该冠状病毒是当前疫情爆发原因的结论,不过作者的这些发现已被针对其他患者的独立调查研究证实。

该研究得到的序列可在NCBI的SRA数据库中找到(BioProject登记号为PRJNA603194)。病毒完整基因组已存入GenBank,登记号为MN908947